1868. aastal asutati Raplas vallakool. Seda võib pidada kooli ametliku ajaloo alguseks. 1914. aastal moodustati senise kooli kõrvale Rapla Riigialgkool. 1918. aastal need kaks kooli liideti. 1926. aasta aprillis otsustati hakata ehitama praegust algklasside maja. Juba sügisel kolis osa klasse pooleliolevasse hoonesse sisse. 1935. aastal loodi Raplas endise Paldiski Ühisreaalgümnaasiumi baasil Harjumaa Progümnaasium, kuhu võeti vastu konkursiga pärast 4. klassi lõpetamist. Kokku tuli lõpetamiseni käia koolis 5 aastat. Uus kool sai nimeks Rapla Progümnaasium. 1940. aastal sai Rapla endale täieliku keskkooli ning samal aasta kevadel valmis kooli vana osa, mis oli mõeldud 100 õpilasele. Rapla Keskkooli nime all tegutseti aastani 1988. Aastast 1988-1995 tegutsesid Rapla 1. Keskkool ja Rapla 2. Keskkool. 1995. aastal nimetati nad ümber Rapla Ühisgümnaasiumiks ja Rapla Vesiroosi Gümnaasiumiks. 2018. aastal seoses Rapla Riigigümnaasiumi loomisega muudeti koolid põhikoolideks. Praegune kool kannab nime Rapla Kesklinna Kool.